Keberadaan Ma’had Al Qalam merupakan bagian integral yang tidak dapat dipisahkan dari program kegiatan madrasah secara keseluruhan. Bila disinergikan dengan optimal, potensi ma’had akan menghasilkan ilmu yang sangat membantu pencapaian visi, misi, dan target institusi.

Dengan kata lain, keberadaan ma’had sebagai satu buah sistem turut menjaga agar visi, misi dan strategi yang dilakukan oleh madrasah secara umum selalu berada dalam pengawasan. Adapun struktur organisasi pengurus ma’had tergambar dalam bagan berikut

Struktur Organisasi Ma'had
Struktur Organisasi Ma’had