MAN 2 Kota Malang sebagai salah satu rujukan tempat menuntut ilmu para peserta didik dari berbagai daerah di seluruh Indonesia semakin diminati oleh masyarakat. Hal ini terbukti dengan meningkatnya jumlah orang tua yang mendaftarkan putra-putrinya ke MAN 2 Kota Malang dari tahun ke tahun. Sebagai madrasah yang sebagian besar peserta didiknya berasal dari luar daerah, MAN 2 Kota Malang dituntut untuk menyediakan tempat tinggal bagi mereka. Setelah tempat tinggal tersedia, pekerjaan yang lebih besar dan menuntut tanggung jawab yang lebih berat adalah bagaimana mendesain pola pembinaan untuk para penghuninya. Mengacu pada fenomena yang terjadi di lingkungan pendidikan, hanya ada dua alternatif pola pembinaan, yaitu; pola pembinaan asrama dan  pola pembinaan ma’had (pesantren).

Jika memilih pola pembinaan asrama, secara garis besar pihak madrasah hanya bertanggung jawab menyediakan tempat tinggal yang layak, makan dan minum yang cukup, serta pengawalan akademik dan ibadah yang intens. Sedangkan jika memilih pola pendidikan ma’had, maka disamping harus menyediakan tiga unsur di atas, pihak sekolah juga harus mendesain kurikulum ma’had yang berbasis pesantren.

Ditinjau dari posisinya, Ma’had Al Qalam memiliki posisi yang sangat strategis untuk mencapai visi dan misi MAN 2 Kota Malang. Di samping itu Ma’had Al Qalam memiliki cakupan yang sangat luas sehingga membutuhkan pengelolaan yang sistematis dan profesional. Ma’had merupakan bagian yang tidak bisa dipisahkan dari kehidupan santri di madrasah, hanya dalam pengaturan ma’had mempunyai alur (regulasi) tersendiri.

Tekad MAN 2 Kota Malang untuk menjadi etalase madrasah Indonesia telah memberikan energi positif sekaligus tantangan bagi Ma’had Al Qalam. Energi positif yang dimaksud adalah output yang dihasilkan menjadi semakin kompetitif dan selektif, sedangkan tantangannya berupa input santri yang heterogen tentunya harus mendapatkan penanganan dan manajemen yang tepat dari para pengurus ma’had. Karena niat yang kuat tidak cukup jika tidak disertai komitmen dan konsistensi yang kuat dari para pengelola ma’had ini, terutama para ustadz, karyawan dan semua civitas institusi yang berhadapan langsung dengan santri dan orang tua.