Ma’had Al Qalam MAN 2 Kota Malang mempunyai nilai-nilai dasar yang harus dijadikan landasan oleh para Pembina Ma’had dalam setiap pengambilan keputusan dan penentuan kebijakan. Nilai-nilai dasar tersebut berupa:

  1. Islami
    Kehidupan santri didasari pada pembinaan akidah, syari’ah dan akhlak.
  2. Nasionalisme
    Santri di Ma’had dibina untuk menghargai dan mentaati Ulil Amri dengan mematuhi Pancasila dan UUD 1945 (konstitusi negara yang berlaku), UU tentang Sistem Pendidikan Nasional No. 20 Tahun 2003. Peraturan perundang-undangan yang berlaku.
  3. Ilmiah
    Santri Ma’had Al Qalam harus mempunyai sifat ilmiah, yaitu cerdas, inovatif, dan kreatif. Dengan ketiga sifat tersebut, diharapkan setiap santri mampu berprestasi dalam bidang akademik maupun bidang non akademik, bermanfaat bagi diri dan orang lain.
  4. Ma’hadi
    a. Pancajiwa Ma’had
    – Keikhlasan
    – Kesederhanaan
    – Ukhuwah Islamiyah
    – Kemandirian
    – Hurriyyah (Kebebasan Berkreatifitas)

    b. Tradisi ma’had yang positif dan konstruktif
  5. Patriotisme
    Santri harus memiliki prinsip ijtihad dan mujahadah, pengabdian dan pengorbanan, serta kredibilitas yang tinggi.